Le fonctionnement du canal dépend directement des précipitations. Les lacs Gatún et Alhajuela constituent d’immenses réserves d’eau douce utilisées pour alimenter les écluses qui permettent aux navires de franchir les 80 km séparant Atlantique et Pacifique.
Or, malgré la saison des pluies normalement installée entre mai et novembre, les précipitations restent très déficitaires cette année. Entre mai et août, elles ont été environ 34 % inférieures à la normale sur le bassin du canal, tandis que les apports d’eau dans les réservoirs ont chuté d’environ 44 %.
Quel rôle joue El Niño dans cette sécheresse ?El Niño correspond à un réchauffement anormal d'une partie du Pacifique équatorial qui bouleverse la circulation atmosphérique tropicale. Au Panama, il est généralement associé à une diminution des précipitations et peut retarder ou perturber la saison humide.
L’Autorité du canal évoque ainsi une saison des pluies 2026 « irrégulière », marquée par une nette baisse des précipitations. Les prochains mois seront déterminants : septembre, octobre et novembre constituent la période essentielle pour remplir les réservoirs avant le retour de la saison sèche.
Après avoir fonctionné autour de 36 passages quotidiens, la capacité a été abaissée à 34 navires début septembre, puis à 32 à partir de ce 15 septembre : 9 créneaux pour les écluses Neopanamax et 23 pour les écluses Panamax. Une nouvelle réduction n’est pas exclue cet hiver. La direction du canal estime que le nombre de passages pourrait tomber autour de 29 par jour en février ou mars si les pluies des prochaines semaines restent insuffisantes.
Le manque d’eau affecte également la capacité de chargement des navires. Le tirant d’eau maximal autorisé pour les plus grands bâtiments doit ainsi être abaissé à 14,48 m le 1er octobre, obligeant potentiellement certains porte-conteneurs à transporter moins de marchandises.

La situation rappelle fortement la sécheresse historique de 2023-2024. En 2023, le bassin du canal avait enregistré un déficit pluviométrique proche de 30 % et le trafic avait été réduit jusqu’à seulement 22 navires par jour.
La situation actuelle n’a pas encore atteint ce niveau, mais les autorités veulent éviter une nouvelle crise en économisant l’eau plus tôt. L’enjeu dépasse largement le Panama : environ 5 % du commerce mondial transite par cette voie maritime, qui relie plus de 1 700 ports dans 160 pays.